Церковь Николая Чудотворца – это одна из архитектурных жемчужин историко-культурного комплекса Свияжска. В течение уже четырех столетий этот храм является местом паломничества многих православных верующих не только Поволжья, но и России. Никольская церковь одна из древнейших, средневековых церквей, расположенных на территории историко-культурного комплекса Свияжска. Некоторые исследователи считают что, что церковь Николая Чудотворца – это первый каменный храм-крещальня на побережье Волги.

Церковь Николая Чудотворца была заложена в 1555 г. и освящена архимандритом Германом 6 декабря 1556 г. Храм строился псковскими мастерами-зодчими, которыми, возможно, руководил Иван Ширяя. Имеются предположения о том, что внутренние стены Никольской церкви были покрыты фресками, которые не сохранились до наших дней, кроме фрагмента Николы Можайского на восточном фасаде в нише.

Храм имел три престола – главный в честь св. Николая, придельный – Казанской Божьей Матери и под колокольней во имя трех святителей Казанских. Главной святыней церкви была большая икона Николы Можайского, принесенного стрельцами из Москвы. К этой иконе приезжали поклоняться со всего Поволжья.

Рядом с церковью в XVI в. возведена трехъярусная колокольня, на которой установили пять колоколен. Нижний ярус колокольни служил для оборонительных целей, так как из него шел потайной подземный ход к берегу Щучьего озера.

В дальнейшем надстроили еще два яруса колокольни. Современная высота колокольни достигает 43 метров. Колокольня Никольской церкви является самым высоким сооружением в Свияжске.

В первой половине XIX в. в 1825 г. храм стал бесприходным и оказался под угрозой сноса. Однако, местные жители Свияжска отстояли храм от разрушения. В 1831 г. благодаря хорошим денежным средствам, выделенным для реставрации храма графом Апраксиным, церковь была восстановлена и освещена архиепископом Казанским Филаретом.