После установления Советской власти Свияжск начинает переживать тяжелые времена. «Религия - опиум для народа» - вот основной лозунг большевиков в религиозной сфере. Поэтому именно в этот период пострадали многие культовые сооружения, православные храмы,  мечети, священнослужители. Свияжск также не избежал этой участи.

Первоначально остров Свияжск стал военной базы для большевистских войск в борьбе с белогвардейцами. В Остров-град непрерывно прибывали пароходы с частями Красной армии. Здесь сформировалась 5 армия, к острову была стянута волжская флотилия. А в начале сентября 1918 г. на подступах к Свияжску развернулись ожесточенные бои с белогвардейцами и чехословаками, победа оказалась на стороне большевиков. Но не военные потрясения гражданской войны нанесли тяжелый урон культурному ансамблю Свияжска, а религиозная политика большевиков, сеющая одни страдания и несчастья.

Большевики начали проводить кощунственные мероприятия на священной земле Острова-града. Особенно ярко эти мероприятия проявились в открытии памятника Иуде Искариоту. Для большевиков Иуда был первым революционером, бунтарем, а для простого народа - человеком, предавшим Иисуса Христа. Открывал столь «яркий» памятник известный революционер, сподвижник Владимира Ильича Ленина, Лев Троцкий. В городе он пробыл два дня. Революционер разместился в доме с колоннами, что и ныне стоит напротив церкви Константина и Елены.

На этом событии  кощунственные мероприятия большевиков не прекратились, а наоборот разрастались с большей силой. Пострадали многие видные священнослужители Свияжской обители. Был расстрелян епископ Амвросий, протестовавший против насилия. Погиб священник Софийской церкви Константин Долматов. Нищелюбивый и бескорыстный пастер, человек удивительной простоты, был обвинен в том, что он, шестидесятилетний старец, расстреливал с колокольни красногвардейцев. Расстрелы священнослужителей сопровождались изъятием церковных ценностей.

В тоже время с легкой руки советской власти Остров-град из культового места превратился в места заключения. Свияжская тюрьма, расположившаяся в бывших монастырских зданиях,  становится местом отбывания политически неблагонадежных и уголовных элементов. В 1920-х годах в монастырскую тюрьму стали поступать оппозиционные к власти представители интеллигенции.

К 1940-м годам город Свияжск представлял собой печальное зрелище. Ограбленные и взорванные храмы, оказавшиеся в долгом печальном сне забытья. Из семи церквей, четыре были взорваны: Собор Рождества Христова, Благовещенская церковь, Никольская Церковь, храм Тихвинской Божьей Матери. Остров-град был похож на потерянный город-призрак, имевший ранее чудесную и удивительную историю с прекрасными памятниками культуры. В 1953 году на место тюрьмы была переведена психиатрическая больница.

Лишь в 1956 г. Свияжск объявлен памятником истории и культуры России.